Местная флора и фауна уникальна, но к сожалению многие из местных представителей фауны находятся на грани вымирания, они занесены в Красную книгу. В настоящее время, актуальным считается второе издание Архангельской Красной книги, которое было выпущено в 2008-ом году. В новом издании оказались 203 вида, из которых 4 вида беспозвоночных и 48 позвоночных. И каждому  присвоен свой статус, который показывает численность внутри популяции. Статус – это цифра от нуля до пяти, где ноль – полное исчезновение вида, а пять – его восстановление.

Одним из пострадавших является беркут – крупный орел, размах крыльев которого достигает 2,3 метров.

На данный момент в Красной книге ему причислен статус 2, что обозначает сокращающийся вид. Точно количество беркутов на территории Архангельской области не установлено, но стоит отметить, что на севере Европы численность этих птиц стабильно мала. Сегодня нам известно, что в Водлозерском национальном парке обитает не более 4-5 пар представителей данного вида. А в Кожозерском ландшафтном заказнике и того меньше – всего 2 пары.

Так же на территории Пинежского заповедника встречались эти птицы, но только поодиночке. Конечно, живут они не только в заповедниках и заказниках, но еще и за их пределами, но установить численность беркутов в дикой природе и того сложнее. По предположениям исследователей всего в Архангельской области проживают около 40 пар.

Сейчас активно предпринимаются меры по защите этих птиц от вымирания. Охота на беркутов, конечно же, запрещена, так же нельзя вырубать лес на территории гнездования, проводится информационная работа с работниками лесозаготовительных предприятий и с охотниками.

Еще один представитель фауны Архангельской области, находящийся под угрозой вымирания – Морж атлантического подвида.

Это наиболее крупный из моржовых, длина его тела достигает 4,1 метров, а вес 1500 килограмм. Так же у него имеются массивные клыки длиной от 60-ти до 80-ти сантиметров. Общая численность этого животного по разным данным от 2-ух тысяч особей до 4-ех.

На территории Архангельской области их всего около 500. Основным лимитирующим фактором является разрушение их естественного местообитания, а так же это связано с сельскохозяйственной деятельностью вблизи береговых лежбищ. В отношении этого животного тоже принимаются меры охраны – он был внесен в перечень не промысловых видов, на него запрещена охота.